盐酸特比萘芬溶液可以用来治疗灰指甲，但是这个效果往往有限。灰指甲也叫甲真菌病，它是由皮肤癣菌和其他的致病真菌感染甲板所引起的病变，通常的治疗方法是采用内服，或者外用抗真菌药物进行治疗。对比较轻的灰指甲，主要选用外用药物治疗就可以。常用的包括像阿莫罗芬搽剂、环吡酮胺搽剂等，这些搽剂其中都含有一些促渗成分，能够使药物有效的穿透甲板，杀死甲板内部的真菌，所以对灰指甲治疗效果还是不错的。
盐酸特比萘芬溶液主要成分是特比萘芬，特比萘芬本身对于皮肤癣菌是有较强的杀灭力的，所以外涂灰指甲，对指甲表面的皮肤癣菌有杀灭作用。但是盐酸特比萘芬溶液本身并没有特殊的促渗成分，所以难以穿透整个甲板，对于比较严重的灰指甲，比较厚的就显得效果有限。可能需要配合口服的或者是其他的外用抗真菌药物联合使用，才能取得比较理想的效果。