细菌和病毒拉肚子的区别在于病毒性腹泻以排水样便为主，经常无腹痛，排便次数比较多，每天可达十余次，通常不伴发热、头痛、食欲不振等。细菌性腹泻常有发热，头痛，腹痛，恶心，食欲不振，腹泻次数不及病毒性腹泻次数多，常表现为糊状变或者仅仅是排便次数增多。
但上述临床症状的区别并非绝对，要鉴别细菌性还是病毒性腹泻，患者可以做血常规检查。血常规提示白细胞、中性粒细胞升高的，就是细菌性的腹泻。如果血常规显示白细胞、中性粒细胞正常，就是病毒性的急性腹泻。患者如果是细菌性的腹泻，可以选择头孢或左氧氟沙星治疗，经过有效的抗菌消炎治疗之后，腹泻的症状可以迅速缓解。如果是病毒性的腹泻主要给予对症治疗，可以选择益生菌如复方嗜酸乳杆菌，双歧杆菌，乳酸杆菌，酪酸菌等，或者是黄连素、蒙脱石散等止泻治疗。