小孩后半夜咳嗽，主要就是针对病因进行治疗。如果是咳嗽变异性哮喘，可以口服扩张气道的药物，或者普米克令舒加可必特雾化吸入。过敏性鼻炎，可以予以生理性海水喷洗鼻腔，睡前口服抗组胺的药像仙特敏、白三烯受体的拮抗剂孟鲁司特钠。胃食管反流可以给予稍微抬高体位，必要的时候可以给胃动力药和制酸药。
另外，引起咳嗽的原因除了呼吸道感染以外，像咳嗽变异性哮喘，一般都是在夜间或者凌晨咳嗽厉害。还有上气道咳嗽综合征，像过敏性鼻炎等，晚上睡觉的时候鼻涕倒流到咽后壁，可以引起咳嗽。像胃食管反流，也是在夜间的时候反流更明显。
小孩后半夜咳嗽，由于气道平滑肌主要由副交感神经当中的迷走神经支配，夜间迷走神经兴奋状态，气道平滑肌收缩，化学物质分泌增多，容易出现夜间的咳嗽加重，痰液增多。