胚胎着床时一般不会有肚子疼。在正常情况下，一般不会有腹痛，只有极少数对疼痛极度敏感的人，才会感觉到小腹隐隐的作痛。如果这时候有少量的阴道出血，也就是着床出血，会引起紧张，总觉得肚子疼。这种情况不需要处理，要注意休息，注意保暖，不要剧烈运动，禁止性生活。可在排卵同房后的10到12天抽血化验血的HCG，如果HCG升高了，就说明是怀孕了，在停经40多天的时候，可以做B超来确诊是宫内孕，以排除宫外孕。
受精卵着床于受精后6到7天开始，一般在第11到12天着床完成。着床是经过定位、黏附、侵入，子宫有一个极短的窗口期，允许受精卵着床，这个过程是无声无息的，悄悄进行的。