胃肠功能紊乱主要是选择对症药物治疗，并没有特效药，治疗主要是积极寻找并去除触发因素和对症治疗，强调综合治疗和个体化治疗的原则。患者要建立良好的生活习惯，饮食上要避免诱发症状的食物，因各人而异，一般宜避免进食产气的食物，如乳制品、大豆等，高纤维食物有助改善便秘。
抗胆碱能药物可作为症状重的腹痛的短期对症治疗，包括阿托品、654-2等。匹维溴铵为选择性作用于胃肠道平滑肌的钙通道阻滞剂，对腹痛、腹泻有一定的疗效。洛哌丁胺或者复方地芬诺酯止泻效果好，适用于腹泻的症状较重的患者，但不宜长期使用。一般的腹泻可以使用吸附止泻药，如思密达，药用炭等。便秘患者可使用促胃肠动力药，如多潘立酮，莫沙必利，伊托必利等。胃肠动力药物治疗还可以选择一些泻药，如乳果糖、硫酸镁、甘露醇、蓖麻油、酚酞等，还可以选择一些中成的泻药，如番泻叶、大黄苏打片等。益生菌如复方嗜酸乳杆菌、双歧杆菌、乳酸杆菌、酪酸菌等，可纠正肠道菌群，对于腹泻、腹胀有效，如果腹痛、腹泻症状较重，而上述治疗无效，且精神症状明显的患者可以试用抗抑郁药物治疗。