碘伏对灰指甲有一定的治疗作用，但是总的来讲，疗效有限。
灰指甲是由皮肤癣菌及其它致病真菌，感染甲板所导致的病变。正规的治疗是采用内服及外用抗真菌药物进行治疗。碘伏对于真菌具有一定的抑制作用，但是如果单纯用碘伏外擦治疗灰指甲，可能只能杀灭指甲表层的真菌，很难渗透到甲板的内部，杀灭甲板内部存在的真菌，所以治疗效果是比较有限的。
目前已经有比较好的透甲的抗真菌的制剂，比如阿莫罗芬搽剂或者环吡酮胺搽剂等，由于增加了一些特殊的促渗成分，所以能够帮助药物渗透到甲板的深层，杀灭甲板当中的真菌，比碘伏效果要好，可以优先考虑使用。