前列腺囊肿的治疗基本上是等待观察。因为这个囊肿是在前列腺腺体的内部出现了一个囊性的肿物，性质绝大多数是良性的，基本上也不会有明显迅速的增大，所以不会导致明显的症状，比如如尿频、尿急、尿痛、排尿困难等，这些症状常常是由于前列腺增生或者前列腺炎引起的，因此针对囊肿本身就是等待观察。
如果患者没有明显的不舒服，基本上无需特殊处理，但如果出现了上述的尿频、尿急等排尿症状的时候，并且检查有残余尿的增加、尿潴留等则需要手术处理。因为治疗的时候，绝大多数采用的是经尿道前列腺电切术，只不过是在手术当中可以顺便将囊肿切除。但如果临床怀疑有前列腺癌的时候，还需要通过前列腺穿刺活检来证实，明确了以后，则采用前列腺癌治疗的方案，例如根治性的前列腺切除或者是内分泌治疗。