胃蛋白酶偏低，说明患者有可能存在萎缩性胃炎或者是胃癌。患者可以做胃镜检查，明确诊断，可以在胃镜下钳取胃窦黏膜组织在显微镜下观察。
慢性萎缩性胃炎是一种癌前病变，常与幽门螺杆菌感染有关，患者可以做碳13或碳14呼气试验检查，或者是直接在胃镜下钳取黏膜活组织做幽门螺杆菌检测，如果结果阳性，可以选择四联方案根除幽门螺杆菌治疗，就是一种PPI加两种抗菌素，加一种铋剂，疗程是七天到十四天，抗菌治疗两周之后，可以选择胃复春或富含硒元素的药物，继续治疗半年至一年以上，然后再复查胃镜，钳取胃窦黏膜组织，了解萎缩细胞有无逆转.。
如果是胃癌必须手术治疗，对于不能手术治疗的晚期胃癌患者，要进行化疗。