大拇指甲凹陷常见于甲真菌病。甲真菌病是由于指甲感染真菌之后造成的指甲的破坏，可表现为凹凸不平，常常使用外涂或者是口服抗真菌的药物来进行治疗。常用的外涂的抗真菌药物有阿莫罗芬搽剂、水杨酸苯甲酸溶液，常用的口服药物有伊曲康唑、特比萘芬等。
此外，甲营养不良也可能造成甲的凹凸不平，此时需要补充足够的维生素和微量元素。
另外，有一些皮肤病本身也可能造成甲的凹陷，比如说银屑病甲的损害，湿疹甲的损害或者是扁平苔藓甲的损害，都有可能造成甲的凹陷。这些原发病需要进行相应的对症治疗，只有原发病控制好之后，甲的损害才能恢复正常。