手指甲坑坑洼洼，可能是甲真菌病所导致。甲真菌病是真菌感染指甲之后，造成的指甲局部的形状发生改变，可以使用外涂以及口服抗真菌药物进行对症治疗，比如临床常用的伊曲康唑、特比萘芬、联苯苄唑软膏等。
此外，还可以见于甲营养不良，尤其是挑食的患儿，或者各种原因造成的营养吸收不良、营养缺乏的成人，也可以见于这些情况。那么此时需要进行外源性补充足够的维生素，以及微量元素来进行对症处理。
另外还有一些炎症性的皮肤病，也可能造成指甲的改变，比如银屑病或扁平苔藓，也可能导致指甲的损害。此时可能需要糖皮质激素类药物，或维甲酸类药物来进行对症支持处理。