脚气和灰指甲可以是同一种真菌，但也可以是不同真菌。脚气是由皮肤癣菌感染脚部的皮肤，所引起来的一种真菌性皮肤病。而灰指甲，也就是甲癣或者叫甲真菌病，它是由皮肤癣菌还有其他的致病真菌感染甲板，还有甲下组织所引起的病变。
总的来讲，脚气和灰指甲都是以皮肤癣菌感染为主的，所以可以算是同一类真菌，尤其是灰指甲严重以后可以蔓延到脚部的皮肤引起脚气，或者是脚气逐渐蔓延到指甲上引起灰指甲，这样灰指甲和脚气很可能就是同一种真菌感染所引起的。
但有些时候，脚气灰指甲也可以有不同的致病真菌所引起，比如灰指甲以红色毛癣菌感染为主，另外还可以有须癣毛癣菌、絮状表皮癣菌等，以及念珠菌感染。而脚癣除了红色毛癣菌、须癣毛癣菌之外，还可能有一些小孢子菌等感染而导致，而小孢子菌引起灰指甲不算是很多见。