输尿管结石的治疗可以采取药物排石，也可以采用体外冲击波碎石，以及手术的治疗。但具体治疗方案的选择，取决于结石的大小、位置以及是否造成梗阻等多方面，需要进行综合的考虑。
结石小于6毫米，而输尿管全程没有病理性狭窄时，可以进行药物排石治疗，只要多喝水，服用一些扩张输尿管的药物，排石的成功率在90%以上；如果结石在6到10毫米，可以采用体外冲击波碎石，配合大量饮水以及药物排石治疗；’如果输尿管结石在8毫米以上，建议使用输尿管镜手术治疗，包括输尿管硬镜和输尿管软镜。在下2/3段的输尿管结石可以采用硬镜，上1/3段的输尿管结石可以采用硬镜或者软镜。结石的大小和治疗方案有所重叠，主要根据患者个人的条件和当地的医疗条件所决定的，所以并不完全冲突。