隐匿性阴茎没有所谓的最佳治疗时机，患者从孩童开始到成年以后均可以进行治疗。隐匿性阴茎的阴茎体和实际长度基本上是正常的，只是由于耻骨上局部的脂肪堆积，导致了大部分的阴茎体埋藏在体内，不能伸出，所以视觉上显得阴茎短小。
它的治疗方案，首先让患者进行减肥，清除局部的脂肪，来显露阴茎。如果效果不好，可以考虑手术治疗，采用隐匿性阴茎矫正术，需要和包茎、包皮过长进行鉴别。它其实是由于阴茎体没有伸出来，但是实际上包皮并不长，只是外观上没有伸出来，导致了包皮显得相对过长。所以有时候存在误诊，将其当成包皮过长或者包茎予以治疗以后，反而使得包皮显得过短，或者是由局部瘢痕术后存在，会导致阴茎体难以伸出。