霉菌性的包皮龟头炎治疗主要是抗真菌药物，但它们并不是特效药，一般是选用氟康唑、酮康唑、两性霉素B等。对于局部还要做好清洁卫生，用清水清洗之后用固定的毛巾擦干，再停止性生活两到四个星期，同时做好局部的清洁卫生，勤换内裤并用开水烫洗。
男性的霉菌性包皮龟头炎相对比较少见，一方面可能是由于女性患有这样的炎症，通过性生活传染所导致；另外一方面可能患者自身体弱多病，肿瘤恶液质或长期使用糖皮质激素以及其他的免疫制剂，导致了自身的抵抗力低下；也可见于长期过度的使用肥皂或者碱性的洗液清洗，导致了局部的皮肤损伤，然后真菌定殖。