霉菌性的龟头炎其实治疗和普通的阴茎龟头感染是很接近的。首先，患者要做好个人的清洁卫生，将包皮翻开，用清水清洗，不要用洗液，更不要用其它的酒精、碘酒等进行消毒，这样会灼伤局部的皮肤，洗了以后，用固定的毛巾擦干，停止性生活2到4个礼拜。然后选用一些抗真菌药物，例如酮康唑、氟康唑、两性霉素B等，一般情况下，口服疗程大概在一周左右，就可以得到良好的控制。
如果确实还有包皮过长或者包茎的患者，建议做一个包皮环切术。同时我们要注意到这种霉菌性的感染，往往是由女方传染给男方的，所以对于女方存在有阴道妇科炎症的，要去妇产科同时治疗。而且对于男方来说，合并有长期营养不良或者是使用糖皮质激素，以及其他免疫制剂等危险因素的，要予以纠正，这样才有利于炎症的控制，预防它的复发。