输尿管结石造成的疼痛有两种，它们处理方案不太一样。如果是造成了急性的肾绞痛，这时候急性期处理是先行解痉止痛，采用654-2或者是山莨菪碱来解痉，效果不好的还可以采用阿片类的药物，如果感染比较厉害，还要用一些抗生素来对抗感染；如果疼痛持续不缓解或者是诱发了败血症，这个时候要手术植入输尿管支架管，或者是行肾造瘘穿刺引流来缓解，在急性期过去以后再针对结石本身处理。
第二种疼痛就是梗阻不完全时候的长期慢性的疼痛，这个时候也要引起重视，因为肾功能在持续的受到损害。对于小于6毫米的输尿管结石，可以通过口服大量的水，再加上一些排石药来促进结石的排出；如果结石体积在6毫米到15毫米左右，可以考虑采用体外冲击波碎石；如果结石体积在10毫米以上，可以考虑手术下的钬激光碎石。
我们可以看到结石大小和治疗方案选择是有重叠的，这是根据患者自身的条件，和就诊当地的医疗水平来综合决定的，所以并不完全矛盾。