尿路感染药物的选择，需要根据它的类型，有所区别。
尿路感染主要分成了上尿路和下尿路感染两大类。上尿路感染主要指的是急慢性的肾盂肾炎，治疗是以静脉使用强效有力的抗生素为主，例如头孢曲松、头孢哌酮、左氧氟沙星、莫西沙星等，整个用药疗程在一到两个礼拜左右，方可痊愈。而对于下尿路感染主要指的是尿道炎，膀胱炎和前列腺炎，其中急性前列腺炎，治疗也需要使用静脉的抗生素，常用的药物也是前述的几类，疗程也在一到两个礼拜，之后转为口服，继续维持一到两个礼拜。
而如果是一般的尿道炎、膀胱炎，治疗相对来说比较简单，只需要口服药物，一般疗程女性在一到三天，男性在五到七天，就可以得到痊愈。常用的药物选择也是头孢三代，或者是喹诺酮三代的药物，例如头孢噻肟，还有左氧氟沙星。