如果是细菌感染引起的急性肠炎，可以选择头孢或左氧氟沙星、奥硝唑，替硝唑、甲硝唑等消炎药治疗。
如果是慢性肠炎，包括肠结核、溃疡性结肠炎、克罗恩病等，肠结核可选择抗结核药物治疗。溃疡性结肠炎和克罗恩病同属于炎症性肠病，是一种与自身免疫相关的，多种因素引起的慢性肠道炎症，可选择水杨酸类药物、糖皮质激素、免疫抑制剂等治疗。
急性细菌性肠炎是因患者进食了被病毒或者是细菌污染的食物之后出现的急性肠道炎症，患者可以做血常规检查，血常规显示白细胞、中性粒细胞升高，就是细菌性的急性肠炎。怀疑肠结核或炎症性肠病的患者，可做肠镜检查，明确诊断。