眼部长扁平疣，可以使用一些物理疗法或者是药物治疗去除。扁平疣是由人乳头瘤病毒，也叫HPV病毒感染所引起的一种皮肤损害。通常表现为一种淡黄、褐色的质地较硬的小丘疹，好发于面部、手背还有前臂等处。通常采取物理治疗或者是药物治疗来进行去除。
如果眼部的皮肤长扁平疣，通常也是可以采取液氮冷冻、二氧化碳激光或者电烧灼等方式加以去除的。但是由于这个位置比较特殊，在眼睛的周围，所以治疗的时候一定要注意防护，避免损伤到了眼睛。
比较小的皮损，也可以考虑采取一些抗病毒的药物外涂，比如外擦干扰素凝胶、咪喹莫特乳膏，或者是氟尿嘧啶软膏等，同样也可以起到治疗作用。但是也要注意不要沾染到眼睛里面，以免引起对眼睛黏膜的刺激。