泌尿系的感染需要和如下疾病进行鉴别，包括男性的前列腺增生，还有膀胱过度活动症、膀胱结石、输尿管下段结石、膀胱肿瘤，或者是尿道及输尿管下段的肿瘤。因为泌尿系感染常见的症状是尿频、尿急、尿痛、排尿困难、排尿不尽感，还有肉眼血尿，伴有急迫性的尿失禁等，这些症状和上述其他的疾病比较相似，有所重叠，所以需要进行鉴别。
通常可以通过做尿常规、尿细菌培养，还有泌尿系彩超来对上述疾病做初步筛查。往往感染性的疾病，例如膀胱炎、尿道炎，只会有尿常规和尿细菌培养的异常，但是影像学往往不会有阳性的表现。但是如果是前列腺增生、结石和肿瘤性的疾病，往往泌尿系的彩超就能够精确的发现，必要时还可以做相应的泌尿系增强CT来判断。