幼儿轮状病毒肠炎的治疗主要是对症治疗，因为目前还没有针对轮状病毒的特效的抗病毒药物。轮状病毒感染有自限性，一般不要过度的担心，治疗方面首先可以调整饮食，给予清淡易消化的食物，鱼、蛋、肉应暂停摄入。如果是人工喂养的宝宝可以给无乳糖奶粉喂养，如果出现了腹泻、呕吐的症状，可以给予保护胃肠黏膜的药物，如蒙脱石散，还有调节肠道菌群的药物，如金双歧、妈咪爱等。
如果体温升高超过了腋温38.5摄氏度，可以给予退热药，如对乙酰氨基酚或者布洛芬口服。如果腹泻引起脱水的，可以予以口服补液盐或者静脉补液。在秋冬季节，轮状病毒流行广泛，可以给予口服轮状病毒疫苗，可以预防轮状病毒性肠炎。