肾脏的囊肿在比较严重，体积比较大的情况下，可以造成如下的症状：主要是体积较大造成局部的牵张、压迫，引起腰痛、腰酸、腰胀或者是不适感。少数可以压迫肾脏的集合系统，引起局限性的肾积水，也可能导致反复的泌尿系感染发作，甚至是引起肉眼血尿，但是这些症状就很少见。而有些肾囊肿可以进一步的恶变，形成囊性肾癌，占所有肾囊肿的比例约百分之五到十。
肾囊肿在体积超过六公分的时候，建议积极进行手术治疗。手术前通过相应的影像学评估，例如超声、CT、核磁共振等，来评估一下囊肿的良恶性质，然后选择不同的手术方式。单纯性囊性肾囊肿一般采用的是腹腔镜下的囊肿去顶术。如果不除外囊性肾癌，这时候主要考虑的是做肾部分切除术。体积特别大的情况下，确定是恶性的，可以做根治性的肾切除术来进行治疗。