脚趾甲的真菌感染可以使用抗真菌药膏治疗。比较严重的脚趾甲真菌感染，需要口服抗真菌药物，比如伊曲康唑，特比萘芬，氟康唑等进行系统治疗，才会有比较好的效果。如果不是特别严重的甲癣，也可以采取外用药物治疗，通常一些外用的抗真菌药膏，像酮康唑软膏，联苯苄唑软膏，达克宁软膏，特比萘芬软膏等。对于普通的手癣、脚癣效果不错，但是对于指甲真菌感染，效果往往有限，因为它们难以渗透到甲板的深处。目前比较好的外用灰指甲的药物，主要是阿莫罗芬搽剂，环吡酮胺搽剂等，这些具有比较好的渗透能力，能够穿透甲板，杀灭甲板内部的真菌，这些效果是优于一般的抗真菌药膏的。
脚趾甲真菌感染，也就是俗称的灰指甲，医学上叫做假真菌病或者甲癣