腓骨肌萎缩症目前尚无有效的治疗方法，其治疗主要包括对症治疗和支持疗法。对于垂足和足畸形，可穿矫形鞋，由于病情进展缓慢，大多数患者可存活数10年。
因此，对症治疗和康复训练可提高患者的生活质量，康复治疗在腓骨肌萎缩症治疗中占有主导的地位，以改善行走能力和生活质量为基本目标，包括力量的训练和拉伸训练，以维持肌力，防止肌萎缩，以及使用适当的支具来提高患者的活动的安全性；同时应嘱患者控制体重，避免肥胖增加运动的负担。而对于足畸形严重者，可导致功能明显受损，可早期给予外科手术治疗，手术治疗的原则是纠正足部的畸形，重建和平衡足踝的肌力。