灰指甲是由真菌感染所引起，一般使用抗真菌药物进行治疗。如果比较轻的，可以考虑外用抗真菌药物治疗，常用的包括阿莫罗芬搽剂、环吡酮胺搽剂等，这些药物具有比较强的渗透作用，能够穿透甲板，杀灭甲板内部的致病真菌，所以对于比较轻的灰指甲，治疗效果不错。如果是比较严重的灰指甲，可以考虑口服抗真菌药物治疗，常用的包括像伊曲康唑、特比萘芬、氟康唑等，这些经过大量的临床验证，都是安全有效的。
治疗灰指甲的药物，一般只要遵照医嘱，足疗程的按照疗程来使用药物，多数灰指甲最终都可以治愈。但需要时间，一般手指甲可能需要3个月左右，脚指甲则可能需要4个月，甚至更长的时间，所以一定要坚持。