含牙囊肿形成的原因，是在牙齿发育期间，牙冠表面有一层缩余釉上皮，随着牙齿的不断萌出，如果牙冠已经达到口腔，缩余釉上皮就和口腔黏膜连在一起，牙齿就会萌出到口腔当中。在没萌到口腔当中之前，牙冠表面覆盖的这层缩余釉上皮和牙冠之间是紧紧的贴着。如果缩余釉上皮和牙冠之间分泌液体，形成液体积聚，就会形成囊肿，称为含牙囊肿。囊壁就是缩余釉上皮，其中的内容物就是缩余釉上皮分泌的囊液。
一般含牙囊肿是附着在含有牙齿的颈部，如果出现含牙囊肿，而且位置比较深，位于磨牙区，多半要进行手术，将含牙囊肿的牙齿和囊肿一并摘除。