泌尿系感染的药物选择，不存在什么药最好。而是要根据实际的检查结果，最好是由尿培养或者血细菌培养结果进行选择。因为泌尿系感染最常见的病原菌，是一些革兰氏阴性杆菌和一些不典型病原，包括大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、奇异变形杆菌、支原体、衣原体等。
所以经验性的选用头孢或者喹诺酮以及部分大环内酯类的药物对抗这些病原体，基本上都是比较敏感的。可以通过静脉或者口服的方式给药。口服的选择会相对更多一点点。整体抗生素的治疗原则是能口服尽量不输液。同时药物的选择最好是根据药物的结果来进行，先窄谱低级的抗生素，然后广谱高级的抗生素。