腰椎骨折最常见的并发症是脊髓、马尾神经或神经根损伤。如果腰椎粉碎性骨折严重，进入椎管的骨头会压迫神经，造成神经的损伤。或者在手术过程中，由于不正确的操作方法，可能会导致继发性损伤的出现。
根据神经损伤的严重程度，患者可能会在下肢经历不同程度的感觉和运动障碍。当脊髓圆锥或马尾受伤时，将可能出现大小便功能障碍。由于神经损伤后的恢复效果一般比较差，可能会导致患者残疾。长期并发症还可能会导致脊柱的后凸和脊柱弯曲的改变，这将加速该部分椎体的变性，并容易出现骨质增生的情况。从而导致长期的慢性腰背部疼痛或椎管狭窄，影响腰椎运动和间歇性跛行的临床症状。