小腿骨折最常见的后遗症是肌肉萎缩和骨折的骨不连接。小腿骨折以后，需要制动休息或不负重行走，可以导致肌肉出现废用性的肌萎缩，表现为肌肉变细或者肌力减弱。另外，小腿骨折后在愈合过程中，如果骨折断端卡压软组织或者频繁活动，也可以导致骨不连接的情况发生。患者需要在治疗的过程中，消除这些可能造成后遗症的一些影响因素。
肌肉萎缩一般通过术后的功能锻炼可以得到很好的改善，而骨不连接的治疗通常需要经过再次手术，进行植骨融合内固定进行处理。在治疗后遗症期间，需要让患者补充营养，以增强其骨折愈合，提高组织修复的能力。