输尿管上段结石的治疗方法，主要取决于结石大小以及是否造成梗阻，如果梗阻是急性完全性发生的，它会诱发剧烈的肾绞痛，这个时候急性期的处理是先行解痉止痛、抗感染，待急性期过去以后，再针对结石进行处理。
而如果平时状态下没有诱发肾绞痛，它主要取决于结石的体积，如果结石小于六毫米，可以通过大量饮水，加上一些促进排石药物，例如硝苯地平、坦索罗辛来治疗，排石的成功率在百分之九十五以上，如果结石在十毫米左右，可以考虑采用体外冲击波碎石辅助药物排石来进行治疗。如果结石在八毫米以上，或者是合并有输尿管病理性狭窄的，可采用输尿管软镜钬激光碎石或者是输尿管硬镜的手术，而部分结石位置比较高的，也可以采用经皮肾镜手术碎石，有些患者会选择，腹腔镜下的输尿管切开取石手术进行治疗。