漏斗胸形成原因可以分为直接因素和间接因素，也可以分为先天性因素和后天性因素：第一、先天性因素，主要和患者基因遗传有关系，有人发现在结缔组织病变中，漏斗胸患者几率大大增高，有人猜测应该跟漏斗胸的软骨生长促进基因与生长抑制基因的平衡被打破，导致前胸的软骨重塑异常，导致凹型的漏斗胸。
第二、当然也有一些漏斗胸与后天因素有关系，比如先天性的膈疝容易出现漏斗胸，声门下狭窄和支气管肺发育不良也会出现漏斗胸的情况。但即使是后天的因素，比如先天性膈疝，声门狭窄和支气管发育不良，也间接的与先天的基因遗传有一定的关系，需要仔细鉴别诊断。