掌跖脓疱病由于病因目前还不明确，所以在治疗上很难做到根治，只能是对症治疗，控制症状。在治疗方面，局部可以外用像糖皮质激素的药膏，或者是像焦油类的制剂，也可以口服像维生素A、维A酸类的药物，还有一些免疫制剂等进行治疗。对于控制局部的脓疱发作，这些药物效果还是比较明确的，但是难以做到长期的缓解，有时候还可以配合局部做一下紫外线的光疗，对掌跖脓疱病也有一定的效果。
因为掌跖脓疱病是一种慢性复发性的病程，所以往往是在用药的时期效果不错，停药之后就有可能再次复发。所以，掌跖脓疱病要根治，相对来讲是比较困难的。