男性精子质量低下，首先要明确病因。炎症性疾病可以采用抗生素治疗，联合一些疏通前列腺的药物，例如头孢三代联合坦索罗辛。精索静脉曲张和隐睾多数需要手术治疗。精索静脉曲张的手术指征是患者的阴囊下坠感和会阴区的疼痛感比较严重，同时出现了精液质量的异常。隐睾的手术指征基本上是限定两岁之内，尽早发现就尽早的做下降固定术，超过两岁以后睾丸的功能就会受到明显的损害。
而其他少见的疾病，治疗起来就比较困难，有时候需要通过人工取精，然后人工辅助生殖的方式来实现患者要小孩的愿望。
不同疾病，治疗方法是不一样的，并不是单纯的吃药。常见的病因有精囊炎、前列腺炎、静脉曲张、隐睾等，还有少见的先天性染色体异常，性激素分泌异常以及微量元素的缺乏。