腰椎穿刺通常不会有后遗症。因为腰椎穿刺是临床上常用的一种诊疗操作，可用于诊断中枢神经系统各种炎症性疾病，血管性疾病、脊髓病变、颅内占位病变，也可用于因脑脊液压力过高的放液减压和注入药物治疗中枢神经系统疾病，只要掌握正确的适应症，并且进行规范的操作，通常不会遗留后遗症。
因此在腰椎穿刺前，应注意局部皮肤、软组织，骨骼有炎症时不可穿刺，颅内压明显增高，有脑疝迹象者不能穿刺。病情危重，处于休克或者濒于休克者不能穿刺，有脊髓压迫症状，脊髓功能已处于完全消失的临界状态者不能穿刺。并且穿刺术后应注意预防头疼、脑疝形成和感染的发生。